新型农村合作医疗制度作为国家的一项重大方针政策，代表了广大农民的根本利益，解决了广大群众因病致贫因病返贫的基本问题。新市镇卫生院作为合作医疗定点医疗机构，在市卫生局、市合管委及合管办的领导下，成立合作医疗组织机构，建立健全和完善合作医疗的有关规章制度和各项标准，配备合作医疗报销的硬件设施，严格执行合作医疗的有关规章制度和各项标准，全心全意为广大参保群众提供优质的医疗服务。
一、建立健全了合作医疗组织。在市合管办的统一要求下，我院成立了院合管办，由副院长张保军同志具体负责，科室由5名同志组成，实现了住院、门诊结算和收费的一站式服务。负责新市镇卫生院的合作医疗结算、管理和技术指导工作。
二、建立健全了合作医疗的有关规章制度和各项标准。按照市卫生局和市合管办的相关文件精神和有关标准，制定了新市卫生院合作医疗工作的各项规章制度和管理方案，明确院合管办、收费室、药房、各医技科室、医生及院领导在合作医疗工作中应负的责任和应尽的义务，充分调动医务人员的工作积极性，发挥各自的作用，保障合作医疗工作的顺利安全运行，努力为广大参合群众服务。
三、配备了合作医疗报销的硬件设施，搭建了合作医疗信息平台。在市合管办的统一安排和要求下安装了大成医院管理系统，实现了与市合管办服务器的光纤高速接入。实现了合作医疗的信息化管理，使合作医疗报销工作达到规范化、透明化的目的，让参合患者明明白白消费，安安心心治病。
四、严格执行合作医疗的`有关规章制度和各项标准。全面贯彻执行市合管办的各项文件精神和标准。住院前认真核实病人身份，把握好出入院标准，
住院中按照诊疗常规，合理用药，合理检查，按照《湖北省合作医疗用药目录》因病施治，作到不挂床、不挂帐，掌握好单病种限价标准，按照市合管办的要求规范诊疗病人，出院后按照市合管办的要求实行一站式服务，即时报销，收集报销资料，完成信息录入工作。
五、不断提高服务质量，提高诊疗水平。为了给患者提供更加优质的服务，我们不断加强业务技术学习，加强国家卫生法规和合作医疗政策的学习。始终以病人为中心，一切以服务于患者为目的，缩短患者侯诊时间，方便群众就医，确保参合农民的利益。
六、强化村卫生室管理，建立完善的村卫生室管理制度，定期或不定期对村卫生室门诊统筹工作进行检查，发现问题及时处理，保障合作医疗基金安全进行，方便广大参合群众就医。
经过几年来的合作医疗运行，也发现了不少问题。
1、村卫生室管理与村卫生室的需求存在一定矛盾。
2、由于某些意外因素造成个别医嘱和费用清单不符的现象。
3、合作医疗部分信息录入与实际存在偏差。
4、由于一些特殊原因造成一些挂帐现象。
自合作医疗开展以来，新市镇卫生院不断健全和完善各项合作医疗报销制度，规范合作医疗报销程序，救治了大批参合患者，减轻了农民的负担，为合作医疗工作作出了应有的贡献。
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